Desde 2002, Beyoncé tem um relacionamento com o rapper Jay-Z, com quem ela já fez várias parcerias musicais. Muitos dizem que foi na gravação da música "'03 Bonnie & Clyde" que os dois começaram a namorar. No dia 4 de Abril de 2008, ela se casou com Jay-Z em Nova York, tornando isso público somente no dia 22 de Abril de 2008. O seu anel de casamento só foi exibido em público no dia 5 de Setembro de 2008, no Fashion Rocks, provando realmente que ela estava casada com Jay-Z.
Beyoncé e o seu marido Jay-Z, vão mudar de nome. Segundo o jornal Arizona Daily Star, Jay-Z que na verdade se chama Shawn Carter ira se chamar Shawn Knowles-Carter e Beyoncé ira se chamar Beyoncé Knowles-Carter. O jornal explicou a mudança de nome do casal da seguinte forma: "Eles querem manter Knowles porque os pais de Beyoncé não tiveram filhos homens e eles querem que o nome continue forte, especialmente se eles não tiverem seus filhos".
Em Dezembro de 2006, Beyoncé admitiu ter sofrido muito durante as brigas judiciais envolvendo as Destiny's Child em 2000. Ela declarou que sofria de muita depressão por causa das brigas judiciais de LeToya Luckett e LaTavia Roberson contra Mathew Knowles seu pai, alem disso ela disse que foi publicamente atacada pela mídia. Ainda nesse mesmo ano, um namorado que namorou com ela dos doze aos dezenove anos, estava terminando com o relacionamento dos dois.
A depressão foi tão grave que já durava dois anos, enquanto ela se mantinha em seu quarto durante dias e se recusando a comer qualquer coisa. Beyoncé disse que não se esforçou para falar sobre a sua depressão, pois as Destiny's Child tinham acabado de ganhar seu primeiro Grammy Award e temia que ninguém a levasse a sério. Todos esses acontecimentos fez com que ela refletisse, explica isso dizendo:
Agora que eu sou famosa, estou com medo de não encontrar ninguém para me amar, eu estava com medo de fazer novos amigos.
— Beyoncé falando sobre a sua depressão em uma entrevista.
Para ajudar a curar a sua depressão, ela se lembra de sua mãe lhe dizendo: "Porque você acha que nenhuma pessoa vai te amar? Você esqueceu que você é tão linda, inteligente e doce?"